בחירה אישית מול עונשים על העוברים על ההלכה

שלום כבוד הרב
במסגרת לימודי תושבע לבגרות אנחנו לומדות הלכות מספר החינוך , בספר כתוב גם את העונש שבית הדין מטיל על העוברים על המצוות . לדוג' עונשים פיזים (כמו מלקות) וכפייה על האדם לקיום המצווה (בכיבוד אב ואם למשל) רציתי לשאול איך זה מסתדר עם העיקרון של בחירה חופשית ביהדות?
שהרי אם יש עונש ע"י בני אדם גם במצוות שבין אדם למקום (כמו לא לשבור עצם מן הפסח) אין לבן אדם באמת בחירה חופשית , כופים עליו לקיים את ההלכה.
בנוסף אני מתקשה להבין את העונשים הפיזיים ..

נ.ב אשמח לנצל את ההזדמנות ובאמת להודות לך על העבודה שלך במישור הציבורי